商品有机肥通过国家认可取得肥料登记证，并作为企业进入市场的基本条件。
普通农家肥只对原料进行了堆肥处理，不是一家独立企业，其产品主要是自己使用或为他人作为有机肥原料使用。
一、有机肥发酵原理
指在人工控制和一定的水分、C/N和通风条件下通过微生物的发酵作用，将废弃有机物转变为肥料的过程。
二、有机肥常见原料
1、植物源有机肥
（1）秸秆类：常见的原有玉米秸秆、小麦秸秆、豆秸秆、水稻秸秆。含有高的纤维素和木质素等大分子物质，氮磷钾等养分含量较低（除豆科类），单独用这类物料做有机肥的罕见，一般用来增加发酵物料的有机质，调节碳氮比。这类原料比较丰富，价格低廉，但因这些物料多存在农业从事散户手中，大面积收购比较困难，且季节性较强，全年生产需提前备货。
（2）粕类：有豆粕、棉粕、蓖麻粕、花椒粕、花生粕等多为农产品加工产业的下脚料，多为辅料。粕类为原料的有机肥可称得上为高端有机肥，因其多为饲料级，原料成本较高，发酵腐熟不宜控制。
（3）菌糠：俗称蘑菇渣，金针菇渣、平菇渣、杏鲍菇渣等，原料多为酒糟、玉米芯、稻壳粉、麦麸、豆粕及配一些营养元素。菌糠有机质高、富含菌体蛋白、维生素、微量元素及生长素，做有机肥在肥力效果较好。
2、动物源有机肥
（1）动物粪便：羊粪、猪粪、牛粪等都是比较好的有机肥原料。有机质含量高，但由于纤维含量少不易分解。使用时要经过充分腐熟发酵，高温杀灭病虫卵、菌和杂草种子。
（2）动物加工废弃物：加工废弃物，甚至是养殖废弃物等也能成为有机肥的原料。通常采用的是无公害生物降解法。