长期大量的使用化肥，尤其是单一的使用一种化肥，化肥中的生物酸性类被植物吸收后，容易造成土壤的酸化，土壤酸化后会导致有毒物质的释放，或使有毒物质毒性增强，对生物体产生不良影响。
土壤酸化还能溶解土壤中的一些营养物质，在降雨和灌溉的作用下，向下渗透补给地下水，使得营养成分流失，造成土壤贫瘠化，影响作物的生长。
我们常见的土壤板结现象也与此有关，当化肥使用过量时，大量的NH4+、K+和土壤胶体吸附的Ca2+、Mg2+等阳离子发生交换，使土壤结构被破坏，导致土壤板结。
如果我们只是一味的施用化肥，不考虑土地的情况，不学会养土地，就会造成土壤有机质下降，化肥无法补偿有机质的缺乏，进一步影响了土壤微生物的生存，不仅破坏了土壤肥力结构，而且还降低了肥效。
中国用占地世界9%的耕地养活了占世界22%的人口其秘密武器是化肥和农药，农药的危害人人皆知，而化肥中的硝酸物质会被人体细菌还原成亚硝酸盐，这是大家众所周知的一种强致癌物质。
实施有机肥替代化肥：是为了减少化肥等投入品的过量使用，优化产地环境，提升产品品质，从源头上确保优质绿色农产品供给；有利于推进农业生产废弃物综合治理和资源化利用，变废为宝，化腐朽为神奇。
归根到底，能够把农业资源过高的利用强度缓下来、面源污染加重的趋势降下来，推动我国农业形成绿色的发展方式，走上可持续的发展道路。