以畜禽粪便的牦牛粪和烤烟秸秆为例，具体说明生物有机肥生产工艺:
1、100%牦牛粪和烤烟秸秆(根和茎杆)添加特定的微生物发酵菌和清水，不同原料微生物发酵菌不同，水分都在65%左右；
2、当腐熟完成后，原料呈褐黑色、无臭味、手抓成团和落地成砂时，分别采用高温消毒、生物消毒和化学消毒；
3、添加微生物功能菌和培养基，保持0.2亿/克功能菌，肥料中水分和培养基保持产品一年以上有增产、减少化学肥料和抗病害作用。
4、用上述肥料广泛做不同作物品种试验，使用方法是替代化学肥料或者商品有机肥肥料，其重量比是80-125公斤/亩减少一半化学肥料，80-125公斤/亩减少200-500公斤商品有机肥，用化学肥料减少的成本改换成生物有机肥投入，把商品有机肥的减少改换成生物有机肥，或者增加少许投入，比如100元/亩，但是当季作物收入必须增加300元/亩，这就是生物有机肥的技术和经济核心。