1、有效期
微生物菌肥哪家好？目前我国微生物肥料有效菌存活时间超过1年的不多，所以选购的微生物肥料要尽快使用，存放时间过长，其菌种的休眠状态可能被破坏。也有一些微生物肥料可以存放比较长，意赛格生物科技所生产的微生物菌肥，螯合工艺，可以正常存放2年。
2、温度
施用菌肥的最佳温度是25℃～37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。固氮菌肥最适温度土壤的含水量是60%～70%。
3、菌数有效活菌数达不到标准的微生物肥料不能购买
国家规定微生物菌剂有效活菌数≥2亿/克（颗粒1亿/克），复合微生物肥料和生物有机肥有效活菌数≥2000万/克。
4、时期
生物菌肥不是速效肥，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7~10天施用，效果最佳。
5、混合应注意
不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥（如硫酸钾等）以及稻草灰混合用，因为这些药、肥，很容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。还应防止与未腐熟的农家肥混肥。