菌剂对养分含量没有要求，使用时要和有机肥一起使用，生物有机肥既有菌也有肥，但是对菌的要求低。所以这两个完全是两种东西，没办法比较的，不过生产中补肥建议用生物有机肥，治疗缺素症，提高根系活力和提高各种肥效利用率可用菌剂。

微生物菌剂和生物有机肥从标准含量都不一样，严格说微生物菌剂更加高级一些。

微生物菌剂，用国家标准GB20287-2006的，菌每克大于2亿每克，没有有机质的要求。

生物菌肥，用国家标准NY884-2012，菌每克大于2000万，有机质大于40，就可以了。

菌肥一般配合有机肥，用在底肥上，微生物菌剂，一般可以全部水溶，苗期或者中后期可以冲施。不过这两年，很多企业也做了很多，菌剂用来做底肥。

两者对改良土壤都有作用。