二者互有伯仲。
二者均属于有机肥。在用量合适的情况下，两种肥料，我建议使用生物肥。
1、农家肥在没有完全腐熟的情况下，容易给作物带来病菌，高效作物，设施作物尤其得注意。生物肥不存在此类问题。
2、农家肥需肥量大，体力劳动强。生物肥使用方便，用量小。
3、生物肥含有生物菌，能有效抑制土传病害，有害菌。前题是你得买到货真价实的生物肥。
生物肥一般是厂家商品化的肥料，相对会发酵到位无害化处理到位，安全些，但价格会高。但现在有机肥、生物肥市场鱼龙混杂，质量高低、真假不一，所以安全性也会降低。
农家肥，来源广泛，经济低廉，可大量使用，这样肥效有保证，但农民受制于知识和意识的限制，很少有发酵充分后施用的，这也就给土壤和作物安全性带来危害，不发酵会烧根，病虫害严重，有害物质多等副作用，影响作物的生长。