微生物菌剂是纯微生物菌种，没有有机质含量的要求，微生物菌剂分为单一菌和复合菌，从形态上来说分为粉剂、颗粒和液体。微生物菌剂不能代替肥料使用，只是作为肥料的添加剂，补充土壤中的微生物菌群，起到防治病虫害的作用。

生物有机肥是添加了特定功能菌种的有机肥，根据需求不同，添加的菌种也不相同，说到底生物有机肥还是肥料。

有机农业等号称不用化肥农药的农业备受一部分不差钱的亲们的青睐，那么不用化肥农药的农作物如何补充肥力和防治病虫害呢？化肥农药出来以前，农业也在照常进行，只不过投入产出比和当今没法比，而且农产品的品质也没今天的好。有人说还是小时候吃的东西好吃，那时的农产品品质更好。你确定是品质的原因而不是因为物资匮乏的年代吃啥都多一份好吃以及怀念的情愫包含在里面。

那么这些农业就采取人工捉虫、蓝光灯诱捕、生物防治等方式实现病虫害防治，具体效果如何去脑补（谁种谁知道）。而生物菌剂就是有防病害的功能之一，其次还有固氮间接提供肥力的功能。但生物菌剂绝不能单独作为肥料使用，不然的话你农作物会“饿”的面黄肌瘦。

有机肥则是利用畜牧养殖业的排泄物或一些农作物林业废弃物进行无害化处理后的一种肥料。但它成为肥料之前必须经过微生物发酵来将有机大分子降解成可供植物吸收的无机小分子，所以最后和化肥的形式差不多。只不过有机肥的营养成分更全，毕竟是有生命有机体残体还原而来的，而化肥的肥力足。所以只用有机肥的农作物也有可能出现生长不好的情况。两者若结合使用则不仅充分利用两者的肥力而且还可减少环境污染。