生物菌培殖在土壤是为改善土壤，有平衡土壤酸碱、提高土壤有机质，使农作物更好地生长，避免过度使用化肥和作物残留问题。由于我国大部分种植面积，受到不同程度的破坏，也就是团粒结构层受到破坏，让种植作物不同程度的影响。能使农作物始续发展，提高农产品的产量、质量，培良土壤是当务之急，所以多注重土壤的培良，生物菌剂和菌肥是不错的选择。
菌剂是经工业加工、培殖的一种或几种的菌种，有分各作物或用途而制作的菌剂，如农业部登记的根瘤菌、枯草芽孢杆菌、植物乳杆菌、地衣芽孢杆菌、酿酒酵母菌等，菌剂有:有机物料腐熟菌剂(有机肥）、固氮菌剂、解磷菌剂、根瘤菌菌剂、生物菌剂、硅酸盐菌剂、光合菌剂等。使用须根据作物和土壤所需，而适量施用。
菌肥包括复合生物肥、微生物菌肥、有机肥，其中都含有各种菌种，都有培良土壤、作物所需的营养元素。
菌剂、菌肥应用广泛及普及，市面也出现众多的品类，也让人眼花瞭乱，选用时应多加注意、了解。在农业部登记过的都有国标字号和代码，有机肥NY525、复合微生物肥NY/T789、生物菌肥N丫一884、微生物菌剂GP一20287，后面数字是登记时间如“NY525－2012”，登记时间是2012年，它是以腐熟肥如用人畜粪便、秸秆等腐熟制作而成，只要选用农业部登记过的都行。
一、作底肥每亩2公斤，耕地时均匀撒在耕地上。
二、作追肥每亩1一2公斤追施。
三、作滴灌与冲施，用水浸清液配合常规肥一起使用，有改良土壤。
四、作种肥，适量用于拌种或在常规苗埔育苗或播种用。
1、增加土壤肥力，这是微生物肥料的主要功效之一。如各种自生、联合、共生的固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素来源，多种解磷、解钾微生物的应用，可以将土壤中难溶的磷、钾分解出来，转变为作物能吸收利用的磷、钾化合物。
2、产生植物激素类物质刺激作物生长。许多用作微生物肥料的微生物还可产生植物激素类物质，能刺激和调节作物生长，使植物生长健壮，营养状况和品质得到改善。
3、对有害微生物的生物防治作用。由于在作物根部接种微生物肥料，微生物在作物根部大量生长繁殖，成为作物根际的优势菌，限制了其它病原微生物的繁殖机会。同时有的微生物对病原微生物还具有拮抗作用，起到了减轻作物病害的功效。