生物菌肥是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品，是农业生产中使用肥料的一种。微生物肥料中有益微生物的种类、生命活动是否旺盛是其有效性的基础，而不像其它肥料是以氮、磷、钾等主要元素的形式和多少为基础。现在生物菌肥种类很多，对果树效果好的主要是解磷、解钾和加速腐熟、能够增强有机质分解能力和土壤透气性的有益菌。
秋季施生物菌肥的同时，撒开浅翻与土壤混合均匀。在腐熟沤制有机肥时掺入生物菌肥，可起到加速腐熟，增大肥效的效果。施肥一定要配合浇水，水不仅是果树必需的生长要素，而且是使肥料溶解被果树吸收利用的溶剂，一定要高度重视，切勿使果树过度干旱。
生物菌肥优点是可活化土壤中被固定的营养元素，刺激根系的生长和吸收，可以减少相应营养元素的施肥量。
缺点是它不含有任何营养元素，也不能长时间供应作物的营养。由于菌肥由活菌构成，通常忌阳光直射和与农药混施，对土壤温度、湿度、酸碱度、有机质含量等环境条件的要求亦较为严格。 了解了他们的优缺点，可以得出这样的结论：化肥与有机肥、生物菌肥配合施用效果要好于单独施用。
生物菌肥因其用量少可集中施在定植穴内或随有机肥底施。后期可多次追施同一种生物菌肥，以壮大菌群，以提高解磷解钾能力和防病效果。