随着死亡植物物质和动物在土壤里分解，植物物质或动物分解的营养物质被释放到土壤中。这种分解的最终结果被称为腐殖质。这种腐殖质占土壤干重的1％至5％。因为它含有丰富的营养物质，腐殖质对植物来说可能是非常有价值的。它也是保持水分的“水槽”。

另一方面，如果土壤中存在过多的腐殖质，土壤可能会保留过多的水分，造成不健康的状况。腐殖质的分解是由细菌，真菌和其他生物如蚯蚓进行的。例如，蚯蚓消耗腐殖质会排泄氮。为了创造富含腐殖质或有机物质，一些农民或种植者将创造一种堆肥，为植物生长提供肥沃的土壤。

一些腐殖土从未退化，因为它被束缚在土壤团粒内或与带电粘土颗粒紧密结合。剩余的腐殖质最终分解。