粪肥与商品有机肥的主要区别在于生产工艺、安全性、肥效以及施肥方便性上。
1. 生产工艺：粪肥是采用厌氧的野外堆积法自然发酵和腐化而来，无害化程度较低。而商品有机肥通常采用好氧堆肥，通过电脑检测及机械控制，堆肥处理量大、发酵速度快且无害化程度高，堆肥成分稳定安全。
2. 安全性：粪肥发酵不彻底，存在有害病菌、虫卵及杂草种子，施用后可能引起烧种或烧根烂芽，传播杂草。商品有机肥则经高温发酵或有添加剂可彻底消除病菌和虫卵，使用安全。
3. 肥效：粪肥一般为粗肥含土的成分多，养分含量低。商品有机肥原料为纯粪，经加工后，有效养分含量高。
4. 施肥方便性：粪肥体积大，每亩需施肥量多，一般在3立方米以上，运输需花费工时。商品有机肥每亩施量在300斤左右，运输施肥较方便。
总的来说，商品有机肥在各方面相较于粪肥具有更多优势，更适合作为绿色肥料使用。