有机肥在农业生产中具有重要作用，它能够改善土壤结构，增加土壤有机质含量，改善土壤肥力，提高土壤抗逆性，促进植物生长发育，提高农作物产量和品质，改善土壤生态环境，减少农药和化肥的使用，从而实现农业可持续发展。
具体来说，有机肥能够改良土壤结构，增加土壤有机质含量，改善土壤肥力，提高土壤抗逆性，促进植物生长发育，提高农作物产量和品质，改善土壤生态环境，减少农药和化肥的使用，从而实现农业可持续发展。有机肥中的有机质能够有效地改善土壤理化状况和生物特性，熟化土壤，增强土壤的保肥供肥能力和缓冲能力，为作物的生长创造良好的土壤条件。
有机肥还能够提高肥料利用率，有机肥营养丰富，但相对含量低，释放缓慢，而化肥单位营养含量高，成分少，释放速度快。两者合理配合施用，相互补充，可以提高肥料的利用率。此外，有机肥还能够提高土壤的培肥地力作用，有机肥料中的有机质增加了土壤中的有机质含量，使得土壤粘结度降低，砂性土壤保水保肥性能变强，从而土壤形成稳定的团粒结构，有利于作物根系的生长发育。
有机肥还能够供给作物养分和活性物质，提高光合作用强度，有机肥料在土壤中不断矿化的过程中，能持续较长时间供给作物必需的多种营养元素，从而提高作物的光合作用强度，促进作物的生长发育。最后，有机肥还能够改善土壤生态环境，减少农药和化肥的使用，从而实现农业可持续发展。